Pesantren merupakan lembaga pendidikan keagamaan spesifik yang dimiliki dalam sistem pendidikan di Indonesia. Tidak sedikit negara yang mengirimkan warganya untuk ikut mondok dalam pondok-pondok pesantren yang menyebar di seluruh Indonesia. Lembaga pendidikan keagamaan ini telah banyak melahirkan banyak pemimpin bangsa. Mulai dari tim perumus piagama Jakarta pada masa kemerdekaan hingga berkiprah pada semua lapangan pekerjaan, bahkan lebih banyak lagi yang berkiprah sebagai tokoh bangsa, anggota parlemen, anggota eksekutif, legislatif dan menjadi intelek ulama dan ulama intelek.
Ekspektasi keagamaan, harapan kebangsaan dan kemasyarakatan tidak sedikit dinantikan oleh negara, bangsa dan seluruh masyarakat Indonesia yang lahir dari pesantren, alasannya sangat sederhana sebab dalam era informasi dan arus globalisasi tantangan kehidupan berbangsa dan bermasyarakat makin banyak dan makin rumit, tentu hal tersebut tidak dapat dibiarkan menggerogoti jiwa suci dan akal pikiran generasi muda, anak pertiwi, harapan bangsa, harapan dan pelanjut perjuangan dalam mengisi kehidupan kemerdekaan negara kesatuan Republik Indonesia.
Pada satu sisi, sejuta asa dari masyarakat kepada lembaga pendidikan agama agar tetap konsisten pada cita perjuangannya, melahirkan generasi penerus perjuangan bangsa, generasi yang memiliki paham keagamaan yang membumi, moderat inklusif, akomidatif terjadap perkembangan zaman yang begitu cepat. Sebagai bukti baik secara kualitatif maupun kuantitatif perkembangan dan pertumbuhan lembaga pendidikan keagamaan semakin tinggi, banyak kategori model pesantren yang diminati masyarakat, mulai dari pesantren tradisional, pesantren moderen, pesantren salafi, tidak termasuk pesantren kilat.
Semua model pesantren tersebut kecuali yang terakhir, tiap tahun dibanjiri masyarakat untuk menyekolahkan buah hatinya dengan harapan nantinya putra putrinya lahir sebagai generasi yang cerdas memiliki banyak pengetahuan dan lahir sebagai harapan bangsa yang memahami ilmu pengetahuan dan teknologi yang luas serta memiliki keimanan dan ketaqwaan. Yang teguh dan kokoh serta istiqamah.
Namun pada sisi lain, ditengah tingginya harapan masyarakat terhadap lahirnya generasi yang berpikiran moderat keIndonesiaan dan berwawasan keIslaman yang mengIndonesia, kita pernah dikagetkan dengan munculnya tudingan ditemukannya oknum yang menyalahgunakan peran pesantren sebagai lembaga pendidikan yang melahirkan generasi Islam yang terdidik secara komprehensif, tidak sedikit media yang membahasakan hasil temuan penelitian bahwa ada puluhan pesantren yang masuk kategori radikal, namun tidak memiliki standar baku dalam memasukkan sebuah pesantren menjadi radikal atau tidak.
Kalaupun kita telah dikagetkan dengan munculnya aksi teror yang dilakukan oleh oknum yang pernah mondok di salah satu pesantren di pulau Jawa, Bahkan seorang mahasiswa yang belajar di Timur Tengah kemudian jasadnya ditemukan di Iraq, merupakan salah satu alumnus dari pesantren yang ada di pulau Jawa, tidak dapat digeneralisir bahwa semua pesantren itu merupakan sarang yang melahirkan teroris. Tidak ada satu pun pesantren di Indonesia yang mengajarkan kepada santi-santrinya menjadi penjahat, anarkis, perampok dengan label teroris yang menggunakan bahasa dan simbol keagamaan sebagai kemasan.
Dua hal yang sangat kontradiktif antara pesantren dengan teroris. Jika ada pihak yang hendak menyatukan kedua kata tersebut atau menuding pesantren sebagai lembaga yang mengkader radikal teroris, itu hanya tendensius politis semata karena dalam semua kurikulum yang disusun, disiapkan dan diaflikasikan oleh kementerian agama Republik Indonesia, tidak ada mata pelajaran yang membahas, mengajari para santri berlaku anarkis.
Dalam meningkatkan kapasitas lembaga pendidikan keagamaan, langkah antisipatif yang harus dikembangkan dan dilanjutkan adalah pertama pemberdayaan peran kyai, ulama dalam melakukan pengkajian dan pengajian bagi santri-santri dengan berbagai macam metode mulai dari klasik hingga metode yang moderen. Kedua adalah kehadiran pengurus dan pihak yayasan yang berperan memajukan dan memenuhi segala kebutuhan yang diperlukan oleh semua pihak yang menjembatani antara peran dan fungsi para ustad, guru dan kyai yang menyalurkan ilmu dan mengajarkan pengetahuan kepada para santri dengan segala macam kebutuhan dan fasilitas yang dapat menunjang dan memperlancar proses belajar mengajar yang harus disiapkan oleh pihak yayasan dan pengurus. Peran santri senior sangat membantu proses belajar mengajar dan pembentukan karakter bagi santri-santri baru dalam menimba segala macam ilmu pengetahuan, baik pengetahuan keagamaan, pengetahuan kemasyarakatan maupun pengetahuan keIndonesiaan.