Prof syafii maarif dalam dialog pencegahan yang diselengrakan di UMY mengatakan bahwa ekonomi dan sosial merupakan akar masalah munculnya terorisme di tanah air oleh karena itu jika ingin meyelesaikan masalah terorisme secara utuh maka akar masalh harus diselesaikn yaitu ekonomidn sosial. Persoalannya apakah kita dan pemerintah sudah mampu menyelesaikan akan masalah ini. Selama akar masalah tidak diselesaikan maka jangan mimpi menyelesaikan secara utuh masalah terorisme. Buktinya sejak dulu tokoh terorisme selalu muncul ke permukaan setelah tokoh lainnya tewas dan ini yang akan terjadi pada kasus santoso bahwa setelah santoso tewas akan muncul tokoh lain yang tampil sebagai komandan dan demikianlah seterusnya.
Menurut Maarif bahwa tindakan terorisme bertentangan dengan semua agama karena konsep pemahamannya beraliran konsep kematian. Artinya tidak ada satupun teroris yang tidak siap mati tetapi semuanya siap mati apapun kondisinya. Pemikiran inilah yang sangat berbahaya dan merupakan sebuah kekeliruan dalam memahami agama Islam yang rahmatan lil-alamin. Akan tetapi kenapa masyarakat Indonesia khususnya di level tertentu sangat tertarik dengan pemikiran-pemikiran yang disebarkan oleh kelompok radikal terorisme?.
Menurut Syafii Maarif bahwa ini tidak terlepas dari dua faktor yang disebutkan di atas yaitu ekonomi dan kemiskinan serta kehidupan sosial yang terisolasi. Nah inilah yang membuat kelompok masyarakat kita dengan mudah tertarik kepada pemikira atau doktrin yang sesuai dengan mereka yang cenderung putus asa dan tidak paham masalah agama dan kehidupan sosial. Inilah yang menjadi tanggung jawab semua pihak untuk bersama-sama menyelesaikan masalah ini karena dengan demikian kita akan bisa menyelesaikn kasus-kasus terorisme.
Syafii juga menjelaskan bahwa konsep penyelesaian masalah terorisme harus meliputi semua unsur di atas sehingga penyelesaiannya dilakukan secara komprehensif dan tidak parsial. Inilah yang menjadi konsen Muhammadiyah saat ini agar penyelesaian masalah terorisme dilakukan secara utuh sehingga sasaran yang diinginkan dapat dicapai.