Prof. Dr. Azyurmardi Azra, Guru Besar UIN Ciputat dalam paparannya pada Dialog Pencegahan Paham Radikalis Terorisme yang diselenggarakan olen BNPT bekerjasama dengan IPIM di Hotel Kartika Chandra 23 Juni 2016, menyampaikan bahwa Islam Nusantara yang selama ini diangkat oleh beberapa tokoh agama bukan Islam yang anti Arab sebagaimana yang digulirkan oleh kelompok tertentu yang tidak setuju dengan wacana dimaksud. Menurut Azra bahwa Islam Nusantara adalah Islam yang menghargai budaya lokal yang tidak bertentangan dengan nilai-nilai Islam bahkan sesuai dengan intisari ajaran Islam seperti silaturrahim melalui kegiatan-kegiatan sosial seperti selamatan haji, umrah dan selamatan rumah dan lain-lain sebagainya.
Jika ada yang mengatakan bahwa Islam nusantara adalah mereka yang anti Arab atau tidak suka dengan yang berbau Arab maka asumsi tersebut adalah tidak benar dan salah karena dalam pandangan Islam semua orang Islam adalah saudara kita semuanya Namun kita bangsa Indonesia memliki karekteristik tersendiri yang berbeda dengan orang-orang Arab atau bangsa Indonesia memiliki kebudayaan yang tidak dimiliki oleh orang Arab.
Terkait masalah radikalisme, Azra menyebutkan bahwa salah satu faktor munculnya radikalisme adalah falsafah sebuah negara yang tidak bersahabat dengan negara. Di beberapa negara, falsafah mereka bertentangan dengan nilai-nilai agama Islam seperti di Mesir beberapa dekade lalu seperti Nasiriyah yang cenderung kepada komunisme akhirnya menimbulkan perlawanan dari kelompok Islam seperti Ikhwanul muslimin, demikian pula di beberapa negara Arab lainnya.
Berbeda dengan di Indonesia yang berdasarkan Pancasila dan UUD 45 memiliki kedekatan dengan agama seperti Pancasila dimana semua sila-silanya memiliki kedekatan dengan nilai Islam sehingga tidak terlalu mendapatkan perlawanan dari kelompok Islam dan tidak menimbulkan radikalisme secara dahsyat. Radikal terorisme yang berkembang di Indonesia akhir-akhir ini adalah akibat dari kondisi di luar yang menyebar ke negara kita.
Sejatinya kita sebagai bangsa Indonesia bersyukur kepada Allah, karena falsafah negara kita sudah sesuai dengan nilai-nilai Islam sehingga tidak perlu lagi mencari ideologi lain yang kemungkinannya bisa saja menimbulkan kekacauan di negara kita ini.
Menurut Azra bahwa untuk menghadapi masalah yang sedang berkembang di tanah air maka beberapa hal perlu menjadi perhatian antara lain menghidupkan kembali pemahaman-pemahaman agama yang lebih komperehensif, penegakan hukum dan tidak menyelesaikan sesuatu secara brutal , capaian harus terukur dan adil dan yang paling penting adalah penguatan paham ideologi kebangsaan.
Salah satu masalah yang dihadapi saat ini khususnya dalam penanggulangan terorisme adalah minimnya koordinasi antara semua pihak di tanah air seperti koordinasi antara BNPT dengan instansi lain sehingga menurut berita bahwa masih banyak eks-eks terorisme yang sudah sadar kembali menjadi teroris karena tidak adanya perhatian dari pemerintah. Azra juga meminta BNPT agar mengajak semua ormas dalam penyelesaian fenomena radikalis terorisme karena tanpa melibatkan ormas Islam dalam masalah ini maka sangat sulit untuk mencapai apa yang diinginkan.