Sebagai salah satu lembaga pendidikan yang paling tua di Indonesia, pesantren telah ada dan bermetamorfosa sebagai bagian penting dalam perkembangan bangsa. Materi pelajaran dan model pengajaran yang lebih mengutamakan pada pengalaman nyata telah menjadikan pesantren sebagai lembaga pendidikan yang tidak pernah lekang oleh perkembangan jaman, alih-alih ketinggalan, pesantren justru terus berkembang dan menjadi lembaga pendidikan yang tetap layak diperhitungkan.
Salah satu hal utama yang mengakar pada pesantren adalah kemampuannya untuk mengolah segala ragam kearifan lokal untuk menjadi bagian penting dalam perkembangan Islam. Dalam konteks Indonesia, pesantren telah berhasil dalam menunjukkan wajah Islam yang sesungguhnya —rahmatan lil alamin— tanpa meninggalkan ciri khas utamanya; Indonesia.
Dalam perkembangannya, pesantren memang sempat dihubung-hubungkan dengan aksi terorisme. Ia dicurigai sebagai sarang pembibitan dan pelatihan terorisme. Prof. Irfan Idris dari BNPT bercerita bahwa sempat ada seorang peneliti terorisme yang mencurigai pesantren, ia kemudian menyamar sebagai pengajar bahasa Inggris dan tinggal di lingkungan pesantren selama kurang lebih tiga bulan.
Selama tinggal di pesantren, peneliti ini mencari informasi tentang kapan, dimana, dan siapa saja yang melakukan pelatihan militer di pesantren. Namun hingga masa tinggalnya usai dan penyamarannya tidak pernah terbongkar, peneliti ini tidak menemukan sama sekali bukti terorisme seperti yang didugakan sebelumnya. Ia bahkan akhirnya bersimpati pada pesantren.
Dalam kegiatan Halaqoh Nasional Penguatan Pesantren Sebagai Basis Nusantara yang dilaksanakan di Jombang pada 30-31 juli 2015 lalu, beliau juga mengingatkan bahwa pesantren bisa menjadi basis utama bagi penyebaran dan penguatan Islam Nusantara, “Islam Nusantara adalah Islam yang rahmatan lil alamin,” jelasnya.
Trend negatif terkait dengan penafsiran sempit atas ajaran agama juga tidak luput dari perhatian direktur bidang deradikalisasi ini. Tema jihad menjadi isu yang paling sering dipelintir, “Alquran menyebut kata jihad sebanyak 41kali, namun tidak satupun yang memerintahkan untuk membunuh,” terangnya.
Lebih lanjut beliau menghimbau agar RMI (Rabithah Maahid Islamiyah) mengeluarkan rekomendasi agar gerakan Islam nusantara bisa tersebar dan tertanam di masyarakat dan itu melalui pesantren..