Tantangan Internal dan Eksternal
Sejak dibentuk Badan Nasional Penanggulangan Terorisme (BNPT) oleh Pemerintah Republik Indonesia tahun 2010, banyak kalangan dari berbagai lapisan masyarakat yang menaruh harapan besar terhadap penanggulangan terorisme yang telah merongrong NKRI sejak satu dekade sebelumnya. Namun tidak sedikit warga masyarakat yang menaruh kecurigaan yang berlebihan. Tantangan dan hambatan yang dihadapi harus diupayakan jalan keluarnya agar bahaya laten radikalisme dan terorisme dapat ditanggulangi di tengah masyarakat.
Tantangan internal yang dihadapi pertama adalah kurangnya sumber daya manusia yang handal dalam mengemban amanat serta merancang dan melaksanakan strategi, kebijakan dan program nasional penanggulangan terorisme. BNPT sebagai Badan Nasional yang baru berumur kurang lebih 2 tahun masih sedang berbenah dalam melengkapi tenaga profesional dalam bidangnya yang direkrut dari berbagai Kementerian dan Lembaga yang terkait dengan tugas dan fungsi BNPT. Tantangan kedua adalah tantangan regulatif, Tidak sama dengan Badan Nasional lainnya seperti BNN, BNPB, BNPT eksis baru sebatas Peraturan Presiden, dalam tata urut perundangan-undangan, Perpres jauh dibawah aturan UU, BNPT seharusnya diatur dalam sebuah aturan Undang-undang, dengan demikian ruang gerak BNPT bisa setara dengan Badan Nasional lainnya yang telah memiliki aturan tersendiri yang berbentuk undang-undang.
Tantangan ketiga yang tidak kalah pentingnya adalah perlunya reorganisasi Kelembagaan. Radikalisme dan Terorisme yang menjadi musuh kemanusiaan, bahaya laten yang dapat membahayakan bagi integritas berbangsa dan bernegara, seyogyanya memiliki struktur kelembagaan yang kuat dan menyeluruh hingga ke daerah, tidak terbatas pada tiga Kedeputian yakni kedeputian pencegahan, perlindungan dan deradikalisasi – Kedeputian penindakan dan pembinaan kemampuan – Kedeputian kerjasama internasional, seperti yang ada saat ini. Struktur organisasi yang ada saat ini telah bekerja secara maksimal sesuai tuntutan masyarakat, bahkan masyarakat dunia menaruh harapan besar terhadap Indonesia agar dapat membagi pengalaman dalam menanggulangi bahaya radikalisme dan terorisme yang menggadaikan nama agama, menghancurkan jati diri bangsa Indonesia yang sangat menghargai martabat kemanusiaan yang tercermin dalam Pancasila dan UUD 1945.
Adapun tantangan eksternal yang sedang dihadapi BNPT pertama adalah secara filosofis seluruh lapisan bangsa sepakat bahwa bahaya yang ditimbulkan radikalisme dan terorisme menghancurkan tatanan kehidupan, dengan demikian konsekwesinya seluruh lapisan masyarakat tanpa kecuali harus terlibat dalam menanggulangi bahaya laten tersebut sesuai dengan kapasitas dan kapabilitas yang dimiliki masing-masing pihak. Namun pada kenyataannya harapan tersebut masih jauh dari harapan karena baru BNPT dan aparat keamanan serta sebahagian tokoh masyarakat yang memberikan perhatian serius terhadap penanggulangan terorisme. Seyogyanya keterlibatan semua pihak mulai dari jajaran pemerintah, Kementerian dan Lembaga hingga jajaran swasta tidak terkecuali harus mendukung upaya yang direncanakan dan akan diwujudkan oleh BNPT dalam menanggulangi terorisme, bukan sebaliknya menolak rencana yang diusulkan dan atau menaruh kecurigaan berlebihan terhadap BNPT.
Tantangan eksternal kedua minimnya pemahaman masyarakat terhadap penanggulangan terorisme, tidak sedikit pihak yang masih beranggapan bahwa radikalisme dan terorisme adalah musuh TNI dan POLRI. Sebahagian besar masyarakat seolah berlepas tangan dan bersikap skeptis menyikapi bahaya yang ditimbulkan gerakan radikal dan aksi terorisme yang menjual nama agama serta berupaya memadamkan cahaya universalisme agama dengan menanamkan kebencian terhadap pihak.