Islam fundamentalis dan Islam radikal menjadi isu utama yang disampaikan oleh Menag RI sebagai key note speaker pada acara dialog yang diselenggarakan oleh BNPT dalam rangka memperingati hari sumpah pemuda yang ke-87 yang dipusatkan di Jogya Expo Center (JEC) 28 oktober 2015. Islam fundamentalis dan islam radikal merupakan dua istilah yang sering kali mengundang kesalahpahaman antara kita khususnya jika dikaitkan dengan pemberantasan terorisme sehingga harus dipahami secara benar dan akurat sehingga tidak menimbulkan kerisauan diantara kita. Menurut Menag bahwa radikalisme dan fundamentalisme merupakan hak seseorang yang beragama artinya setiap penganut agama memang dituntut untuk memahami agamanya secara utuh hingga ke akar-akarnya dan ini menjadi kewajiban setiap umat beragama untuk memahami agamanya hinggaa ke akar-akarnya.
Namun kemudian menjadi persoalan baru bukan saja bagi umat islam tetapi juga bagi agama lain termasuk bagi negara khususnya jika pemahaman fundamentalis dan radikal menjadi ancaman sebuah negara. Dalam lingkup Indonesia, pemerintah dalam hal ini, memiliki tanggung jawab untuk menghentikan upaya-upaya yang mengarah kepada perongrongan institusi negara dan yang menjadi perhatian pemerintah dalam hal ini adalah mencegah dan memberantas efek samping dari pemahaman ini yang mengarah kepada kekerasan yang bukan saja merupakan pelanggaran terhadap undang-undang tetapi juga keluar dari teks-teks alquran dan agama secara benar. Radikalisme dan fundamentalisme tidaklah menjadi sasaran utama dalam hal penanggulangan terorisme akan tetapi yang menjadi sasaran utama khususnya tindakan jika pemahaman fundamentalis menjadi musibah bagi masyarakat atau tindakan tindakan kekerasan dan kekacauan yang dilakukan oleh kelompok tertentu yang mengatasnamakan agama. Ia juga menekankan bahwa deradikalisasi bukanlah islam phobia akan tetapi ia merupakan bagian dari upaya pemerintah untuk mencegah terjadinya brainwash bagi generasi-generasi muda yang kini masif dilakukan oleh kelompok-kelompok tertentu bukan saja melalui jaringan internet akan tetapi juga melalui pendekatan langsung kepada setiap oknum.
Apa yang ingin dilakukan oleh BNPT seperti pencegahan radikalisme melalui internet sangat positif mengingat generasi sekarang adalah generasi digital yang sangat jauh berbeda dengan generasi sebelumnya artinya hamper semua pengetahuan anak-anak muda saat ini diperoleh melalui jaringan internet sehingga pemerintah harus melakukan penanggulangan dini untuk menghindarkan pemuda pemudi dari pengaruh-pengaruh negative yang bukan saja menjadi ancaman bagi setiap pribadi akan tetapi juga menjadi ancaman bagi masyarakat dan negara serta bangsa indonesia.
Pada dasarnya islam fundamentalis dan islam radikal menurut menag bukanlah fenomena yang harus diwaspadai, akan tetapi yang perlu diwaspadai adalah efek samping daripada pemahaman ini khususnya jika mengatasnamakan agama dalam melakukan sebuah tindakan kekerasan yang merugikan orang lain apalagi merugikan agama, bangsa dan pemerintah. Disinilah pentingnya pengukuhan terhadap nilai nilai lokal bangsa indonesia sehingga tidak mudah terpengaruh terhadap paham-paham asing yang bukan saja bertolak belakang dengan ajaran agama yang murni tetapi juga bertolak belakang dengan budaya nasional kita sendiri.